教会は、あらゆる宗教にとって重要な問題について、宗教間の境界を越えて取り組むことを強く主張しています。サイエントロジストは、多くの宗教の代表者たちとともに、宗教間の対話、宗教の自由、憲法、社会における宗教の尊重を支持し、奨励することに取り組んでいます。
サイエントロジストは、ヨーロッパでの宗教の自由のために積極的に闘ってきました。フランスでは、何千人ものサイエントロジストが「宗教の自由宣言」を公表し、その後宣言は欧州評議会によって承認されました。デンマークでは、サイエントロジストは、デンマーク宗教間フォーラムの積極的なメンバーです。このフォーラムは、スカンジナビア全体にわたる宗教の自由のために積極的に発言する代弁者です。ベルギーでは、サイエントロジー教会は欧州宗教運動の異教間議会の確立において重要な役割を果たしました。議会のメンバーは、それぞれの教会を代表して宗教の自由の問題に対処しています。
またサイエントロジー教会は、ヨーロッパと合衆国において多くの宗教間会議を組織し、宗教団体が宗教の自由と寛容のために団結することを促しています。サイエントロジストは、ロシアでは、この主題に関する一連の政府高官による円卓会議が組織されるのを促しました。いくつかの会議は、連邦行政監察委員の事務所とロシア国家科学アカデミーと連携しています。
2001年9月11日の世界貿易センタービルの惨事に続いて、イギリスのサイエントロジー教会は「道徳の真空状態を満たす」というタイトルの国際会議を主催しました。75名の参加者には、ヨーロッパ、アジア、アフリカ、アメリカ、カナダからの宗教指導者や人権活動家、学者が含まれていました。
ロサンゼルスなどでは、サイエントロジーの聖職者は、ロサンゼルス郡保安官事務所、ロサンゼルス警察などの法執行機関が後援する聖職者協議会のメンバーです。これらの協議会は都心部の若者が人生の目的や方向性を見付け出すのを支援する地域イベントを開きます。